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Curso de bases de datos para biólogos

CONOCE A TU INSTRUCTOR

Bernardo Serrano Estrada

Biólogo · Desarrollador de software · Especialista en bases de datos y sistemas aplicados a las ciencias biológicas

Formación

Biólogo egresado de la UNAM

15+

Años de experiencia profesional

100+

Proyectos desarrollados

Especialidad

Bases de datos y software

Sistemas destacados

IBdata, SIPMX, AbaTax y FAMEX

Divulgación

Ponente en congresos nacionales e internacionales

Producción científica

Autor de publicaciones y capítulos de libros

Metodología

Cursos prácticos basados en proyectos reales

Mi objetivo no es solo enseñar herramientas, sino compartir la experiencia adquirida durante más de 15 años desarrollando soluciones tecnológicas para la investigación científica.


Bernardo Serrano Estrada es egresado de la carrera de Biología por la Facultad de Estudios Superiores Iztacala de la UNAM y cuenta con más de 15 años de experiencia en el desarrollo de sistemas web, bases de datos y aplicaciones móviles. A lo largo de su trayectoria ha desarrollado más de 100 proyectos, aplicando soluciones tecnológicas para instituciones académicas, científicas, ambientales y empresariales.


Su trabajo se especializa en la integración de la biología con la informática, combinando diseño de bases de datos, desarrollo de software, algoritmos, inteligencia artificial y análisis estadístico para transformar datos científicos en información útil y soluciones tecnológicas que apoyan la investigación y la toma de decisiones.


Entre sus principales aportaciones destaca el desarrollo de algunos de los sistemas de información biológica más consultados en México, entre ellos IBdata del Instituto de Biología de la UNAM, SIPMX (Sistema de Información de Plantas Vasculares de México) y AbaTax, plataforma para la creación y consulta en línea de claves taxonómicas, incluyendo FAMEX.


Ha participado como ponente en congresos nacionales e internacionales y es autor de publicaciones científicas en áreas como botánica, biomedicina y ciencias computacionales. Asimismo, varios de sus proyectos han sido difundidos en medios de comunicación, reflejando el impacto de su trabajo en la integración de la biología con las tecnologías de la información.



Esta experiencia le permite impartir cursos con un enfoque eminentemente práctico, basados en proyectos reales y orientados a la aplicación de bases de datos, desarrollo de software e inteligencia artificial en las ciencias biológicas, con el propósito de formar profesionales capaces de crear soluciones tecnológicas para la investigación científica, la conservación de la biodiversidad y la gestión del conocimiento.

Biól. Bernardo Serrano Estrada

Egresado de la carrera de Biología por la Facultad de Estudios Superiores Iztacala de la UNAM, Bernardo Serrano Estrada es un profesional independiente con más de 15 años de experiencia en el desarrollo de sistemas web, bases de datos y aplicaciones móviles. A lo largo de su trayectoria ha liderado y concluido más de 100 proyectos, aplicando soluciones tecnológicas en áreas como informática de la biodiversidad, informática biomédica, ingeniería ambiental y distintos sectores empresariales. Su enfoque integra el conocimiento biológico con herramientas de programación, algoritmos informáticos y técnicas estadísticas para el análisis y visualización de datos, aplicando su formación científica a la solución de problemas.


A lo largo de su trayectoria, ha participado como ponente en diversos congresos nacionales e internacionales, y ha contribuido como autor de publicaciones científicas en áreas como botánica, biomedicina y ciencias computacionales, dando a conocer los resultados y alcances de sus desarrollos interdisciplinarios.


Entre sus logros más relevantes destaca el desarrollo y programación de bases de datos para algunos de los sistemas de información biológica más consultados en México, entre ellos IBdata del Instituto de Biología de la UNAMSIPMX (Sistema de Información de Plantas Vasculares de México) y AbaTax, una plataforma para la creación y consulta en línea de claves taxonómicas, incluyendo FAMEX.


Gracias a la relevancia de algunos de los proyectos en los que ha participado, estos han sido difundidos en diversos medios de comunicación, incluyendo televisión, radio, revistas y periódicos.

¿Por qué empezar aquí?

Porque muchos no saben que están haciendo algo mal, solo “funciona… hasta que no”.


Contenidos

  • ¿Qué es una base de datos y qué NO es?
  • Diferencias entre:
    • Excel vs Base de datos relacional
    • Archivo vs sistema
  • Errores típicos en biología:
    • Una fila = una especie (mal)
    • Columnas como “familia / género / especie” duplicadas
    • Celdas con múltiples valores (“Canis lupus, Vulpes vulpes”)
  • Ejemplos reales de datasets biológicos mal estructurados


Actividad

Analizar un Excel real de biodiversidad y detectar errores estructurales.

Contenidos

  • ¿Qué es una entidad?
    • Especie
    • Individuo
    • Registro de ocurrencia
    • Localidad
    • Muestreo
  • ¿Qué es un atributo?
  • Tipos de campo
  • ¿Qué es una relación?
    • 1 a 1
    • 1 a muchos
    • Muchos a muchos


Ejemplos biológicos clave

  • Una especie puede estar en muchos estados
  • Un individuo puede tener muchas mediciones


Conceptos clave

  • Claves primarias
  • Claves foráneas
  • ¿Por qué los IDs son mejores que los nombres?

Objetivo

Evitar redundancia y errores sin matemáticas ni jerga innecesaria.


Contenidos

  • ¿Qué es la normalización?
  • Primera, segunda y tercera forma normal (explicadas con ejemplos biológicos)
  • Cuándo y cuándo no normalizar demasiado


Ejemplo

Pasar de una tabla gigante de Excel a:

  • especies
  • localidades
  • ocurrencias
  • taxonomía

Contenidos

  • Integridad de datos
  • Diagramas entidad–relación (ER)
  • Casos de estudio: Base de datos de biodiversidad
  • Antipatrones comunes:
    • “tabla de todo”
    • columnas dinámicas
    • usar texto para todo


Actividad

Diseñar en papel una base de datos para:

“Registros de especies en México por estado y año”

Contenidos

  • Valores nulos vs vacío
  • Datos faltantes
  • Inconsistencias taxonómicas
  • Duplicados
  • Metadatos
  • Estándares biológicos:
    • Darwin Core (introducción)
    • ISO para fechas
    • Coordenadas geográficas


Actividad

Detectar y corregir errores en un dataset real.

Contenidos

  • ¿Qué es SQL?
    • SELECT
    • WHERE
    • GROUP BY
    • ORDER BY
    • DISTINCT
    • HAVING
    • LIMIT
    • JOINS
  • Migración desde Excel a una base de datos
    • Separar tablas correctamente
    • Validar que los datos se importaron bien
    • Importación paso a paso
  • Consultas a la base de datos
    • Ver tablas
    • Filtrar registros
    • Buscar información
    • Exportar resultados

    Actividad

  • Responder a las siguientes preguntas
    • ¿Cuántas especies hay en un sitio de colecta?
    • ¿Cuál es la lista de familias?
    • ¿Cuál es el mínimo y máximo de individuos colectados?
    • ¿Cuántas especies fueron colectadas por Rzedowski?
    • ¿Cuáles son los estados de México con más colectas?
    • ¿Cuál es la lista de familias por estado de México?
    • ¿Qué registros se encuentran entre la longitud -100 y -98, y la latitud 19 y 20?

Contenidos

  • R
    • Instalación de R
    • Instalación del IDE RStudio
    • Instalación de paquetes para SQLite
    • Ejemplo para generar gráficas, tablas y exportar resultados a CSV
  • Python
    • Instalación de Python
    • Instalación del IDE Visual Studio Code
    • Instalación de bibliotecas para análisis de datos
    • Ejemplo para generar gráficas, tablas y exportar resultados a Excel

Cada persona:

  • Toma un dataset biológico real, preferentemente del trabajo que actualmente cada uno realiza
  • Diseña la base de datos
  • La implementa
  • Documenta cualquier cambio